創建於清乾隆十八年,歷經二次重修後,廟貌巍峨堂皇,帶動地方繁榮。

  本宮在嘉慶六年(西元「八○一年)及道光六年(西元「一八二六年)先後二次重修正殿(媽祖殿)民國六年再重新整修,使廟宇恢宏,廟貌更加壯麗雄偉。至民國五十二年(西元一九六三年)時增建後殿的佛祖殿,前後費時兩年工程全部完竣,廟貌更是美輪美奐,並帶動地方日趨繁華,促使廟宇附近街屋紛紛改建,到處高樓大廈林立,地方更趨繁榮,本宮為應需要於民國七十年(西元一九八一年)再次興建東西側廂房,越二年並擴建正殿,於民國七十四年(西元一九八五年)十二且落成。

 

  新建正殿構造為華南式宮殿造型,三層出隨三川太子亭,全部鋼筋混凝土,二、三層結網綱目,內外壁及地面,均採用進口石材、福壽石、紅寶石飾面,金碧輝煌,精緻華麗,至民國七十四年台北市政府為興築基隆河堤防及開拓堤內道路乃徵收本宮部份基地,使原本供辦理活動的場所面積縮減,本宮乃利用僅有空地向上發展,並於民國七十五年重建後殿,計地下一層,地面六層,成為本宮最高建築物,同時在民國七十六年重修拜殿,同年十二月完工。

  本宮坐北向南,佔地約六百坪,龍騰拜殿構造為三川殿脊,飾雙龍朝仙、蒼龍回首,神采飛揚,屋頂飾彩鳳展飛或青龍騰躍,中門兩側有嘉慶年間(十八世紀初)雕刻的石獅子乙對,塑型生動,毛髮畢現,三川門左右則有近代刻製石獅拱衛,威猛傳神,中央門椽上書「慈祐宮」,龍門日「左輔」,虎門稱「右弼」,透雕窗櫺飾以廷台樓閣,壁面浮雕雙龍搶珠,猛虎下山或花鳥麒麟,殿內橫樑彩繪,脊飾雙龍搶珠,鳳凰白鶴呈祥,綱目層層,細巧鮮麗,九龍石吟,雄姿煥發,環繞大理石欄杆。


  正殿為三層重簷,頂脊飾雙龍朝三星,垂脊雕貼飾龍人馬,戧脊分為仙女馭彩鳳,神將騎青龍,天兵跨猛虎,二樓透雕天官賜福,三樓彩雕三星報喜,石柱有九龍環繞,壽樑彩繪中國古代歷史故事,題材廣泛,如聖母重陽飛昇,渭水河聘賢,茂叔觀蓮,彭祖焚香,唐明皇月府清遊等。


  正龕上層層結網,背飾祥雲金龍,聖母居中,法相和藹,千里眼、順風耳分侍兩側,在香煙裊裊中,益顯神威奕奕,令人心生敬畏,東廂敬祀註生娘娘,慈懷善目,西廂崇奉福德正神,和顏而笑,長年鎮座庇佑境民,西後廂敬祀地藏王菩薩,阿難陀尊者,目犍連尊者,以奉祀永記功德歷代先賢。

  進入後殿係一巍峨堂皇的六樓建築,雕樑畫棟,呈現莊嚴氣象。六樓為凌霄寶殿恭奉昊天金闕玉皇大天尊,同祀上元一品賜福天官大帝、中元二品赦罪地官大帝、下元三品解厄水官大帝、乾元四品考較火官大帝,左右分祀南斗六司延壽星君、北斗七元解厄星君。

  五樓為三清殿,尊祀玉清聖境元始天尊、上清真境靈寶天尊,太清仙境道德天尊、南極勾陳天皇長生大帝、中天聖主北極紫微大帝、護衛馬元帥、趙元帥,兩側並祀神農大帝、太上道祖、釋迦佛祖、至聖先師、地母娘娘、太陽星君、太陰娘娘。

  四樓為諸聖帝君殿,主奉協天大帝、孚佑帝君、九天司命真君,左右同祀文昌梓潼帝君、清水祖師、文魁夫子、水僊尊王、保儀大夫、廣澤尊王。

  三樓為佛祖殿,崇祀觀音佛祖、南海佛祖、千手千眼觀世音佛祖、藥師佛、兩協侍文殊、普賢菩薩,另兩護法韋馱、伽藍尊者,和十八羅漢尊者,佛祖殿實質為善男信女宏揚佛法之場所。
  

  二樓設置太歲殿,安奉斗姥元君、值年太歲星君與左輔右弼護法大將軍暨六十星宿太歲星君金尊,供善信大德參拜,祈求消災解厄、平安植福、招財進寶、萬事亨通。