進入後殿係一巍峨堂皇的六樓建築,雕樑畫棟,呈現莊嚴氣象。六樓為凌霄寶殿恭奉昊天金闕玉皇大天尊,同祀上元一品賜福天官大帝、中元二品赦罪地官大帝、下元三品解厄水官大帝、乾元四品考較火官大帝,左右分祀南斗六司延壽星君、北斗七元解厄星君。
五樓為三清殿,尊祀玉清聖境元始天尊、上清真境靈寶天尊,太清仙境道德天尊、南極勾陳天皇長生大帝、中天聖主北極紫微大帝、護衛馬元帥、趙元帥,兩側並祀神農大帝、太上道祖、釋迦佛祖、至聖先師、地母娘娘、太陽星君、太陰娘娘。
四樓為諸聖帝君殿,主奉協天大帝、孚佑帝君、九天司命真君,左右同祀文昌梓潼帝君、清水祖師、文魁夫子、水僊尊王、保儀大夫、廣澤尊王。
三樓為佛祖殿,崇祀觀音佛祖、南海佛祖、千手千眼觀世音佛祖、藥師佛、兩協侍文殊、普賢菩薩,另兩護法韋馱、伽藍尊者,和十八羅漢尊者,佛祖殿實質為善男信女宏揚佛法之場所。
二樓設置太歲殿,安奉斗姥元君、值年太歲星君與左輔右弼護法大將軍暨六十星宿太歲星君金尊,供善信大德參拜,祈求消災解厄、平安植福、招財進寶、萬事亨通。